dan cara penyebaran jangkitan boleh berbeza. Penjajahan yang dimediasi oleh patogen sebenarnya boleh berlaku melalui:
- Laluan menaik dari pundi kencing (yang paling kerap): dari perineum (atau dari ruang vagina, bagi pesakit wanita), mikroorganisma naik di uretra, kemudian di pundi kencing, hingga ke buah pinggang; penyebab utama jangkitan pada wanita terdiri daripada ubah bentuk uretra semasa hubungan seksual, sementara bagi lelaki sering kali sekunder terhadap prostatitis. Pada pesakit kateter, pencemaran boleh berlaku berikutan kedudukan atau manipulasi kateter, dengan kemungkinan kenaikan patogen ke dalam pundi kencing .
- Laluan turun darah: melalui aliran darah, dalam perjalanan septikemia, patogen sampai ke ginjal menyebabkan nefritis dan abses ginjal.
- Jalur limfa menurun: rangkaian saluran limfa menghubungkan kolon menaik dengan buah pinggang kanan dan kolon menurun dengan buah pinggang kiri.
Mikroorganisma yang terlibat dalam pielonefritis biasanya sama untuk jangkitan saluran kencing, saluran kemaluan dan gastrousus, oleh itu pada pundi kencing, prostat, serviks, vagina, uretra atau rektum: Escherichia coli, Klebsiella spp., Proteus spp., Enterococcus spp. dan lain-lain.
Dalam kebanyakan kes, patogen ini mewakili bakteria flora fecal, yang mengambil jalan menaik walaupun secara umum peristalsis (pergerakan kontraksi dan jarak dinding saluran kencing) melakukan "tindakan perlindungan yang berkesan terhadap jangkitan.
Mikroorganisma lain yang tidak biasa kadang-kadang dilaporkan: mikobakteria, ragi dan kulat, serta patogen oportunis seperti Corynebacterium urealyticum.
